作者:Wolfgang Becker、Cornelia Junghans、Axel Bergmann、Becker & Hickl GmbH,德国柏林

摘要:利用bh DCS-120共聚焦扫描荧光寿命成像系统记录燧石内层,我们发现了一些与古代细菌极为相似的圆形物体。这些物体大小约为20 µm,荧光衰减呈三指数曲线,其衰减分量分别为334 ps、2534 ps和7794 ps,振幅分别为0.5924、0.2534和0.1096。其荧光衰减与周围物质的衰减明显不同。这些物体通常成簇出现,分布在燧石内部的多个位置和不同深度。由于这些物体大小均匀,我们相信它们确实是微生物化石。

燧石的激光扫描荧光寿命成像

激光扫描共聚焦显微镜主要用于研究生物体。然而,激光扫描共聚焦显微镜也可用于研究矿物的内部结构。在微米尺度上,许多矿物是透明的,或者至少是半透明的。激光扫描共聚焦显微镜能够记录材料特定内层的图像。结果显示包裹体、裂纹、晶体缺陷、捕获的细菌或其他感兴趣的特征。与荧光寿命成像 (FLIM) 结合使用时,可以增强与周围材料的对比度,并获取关于感兴趣特征的更多分子信息 [4]。为了探索 FLIM 在矿物学中的潜在应用,我们使用了 bh DCS-120 共聚焦 FLIM 系统 [1, 3] 对多种不同的矿物进行了研究。其中一种矿物是燧石。燧石部分半透明,发出令人惊讶的强可见光荧光,荧光寿命在纳秒以下。当我们记录燧石样品的 FLIM 图像时,我们惊讶地发现,这些结构在大小和形状上都与单个微生物和微生物簇相似。示例如图1所示。荧光寿命成像技术在燧石中发现微生物化石插图

图1:燧石中的微生物化石。bh DCS-120共聚焦扫描荧光寿命成像系统,激发波长405 nm,检测波长435 nm至650 nm。图像尺寸400 x 400 µm。物镜20倍,NA=0.5,针孔尺寸1 AU(右)。SPCM数据采集软件的在线显示功能,衰减时间采用单指数近似。

图中显示,细菌状物体的荧光寿命和衰减曲线与周围物质明显不同。物体及其周围物质的荧光-衰减曲线如图2所示。荧光寿命成像技术在燧石中发现微生物化石插图1

图 2:包含物体(绿色)和周围材料(红色)的感兴趣区域中的荧光衰减曲线

SPC Image NG的荧光寿命分析

为了进一步了解这些神秘物体的荧光行为,我们对数据进行了 bh SPCImage NG FLIM 数据分析 [2]。图 3 展示了以此方式获得的寿命图像。从衰减参数和衰减曲线(右上和右下)可以看出,荧光衰减呈多指数衰减。从衰减曲线下方平滑的残差可以看出,三重指数模型可以很好地描述它。请注意,这些寿命与图 1 和图 2 中的不同。SPCM 使用一阶矩计算,得出寿命的单指数近似值,而 SPCImage 使用多指数模型进行 MLE 拟合,得出组分寿命的振幅加权平均值。两种方法获得的寿命必然不同。

荧光寿命成像技术在燧石中发现微生物化石插图2

图 3:SPCImage NG 生成的荧光寿命图像。左图:寿命图像,显示三指数拟合的振幅加权寿命 tm。MLE 拟合,GPU 计算。右上图:图像像素的 tm 直方图以及光标位置的衰减参数。右下图:光标位置的衰减曲线。图像格式为 512 x 512 像素,每个像素有 1024 个时间通道。

通过相量图进行图像分割

图 4 展示了如何使用 SPCIMage NG 的相量图作为图像分割工具 [2]。在相量图(右上)中,选定的相量范围包含感兴趣物体的相量特征。在寿命图像(左)中,所选相量范围之外的像素显示为灰色。相量图的“选择聚类”功能用于将选定像素的衰减数据组合成一条衰减曲线。组合后的衰减曲线显示在右下角。该曲线包含超过 1300 万个光子,因此可以进行非常高精度的分析。结果表明,衰减确实是三重指数衰减,衰减分量分别为 280 ps、1962 ps 和 7542 ps。振幅分别为 0.654、0.2541 和 0.092。有趣的是,这些寿命与活细胞成分黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)的荧光衰减相符。然而,尽管FAD有可能融入燧石的分子基质中,但它不太可能在超过6000万年的时间里保持稳定。
荧光寿命成像技术在燧石中发现微生物化石插图3

图4:通过相量图进行图像分割,选定具有细胞相量特征的像素。右下方显示选定像素的组合衰减曲线。

图5使用相同的程序来选择具有与细胞不同的相量特征的像素。组合衰减曲线显示在右下方。衰减分量分别为334 ps、2534 ps和7794 ps,振幅分别为0.5924、0.2534和0.1096。

荧光寿命成像技术在燧石中发现微生物化石插图4

图5:通过相量图进行图像分割,选定的像素与细胞的相量特征不同。右下方显示了选定像素的组合衰减曲线。

讨 论

燧石形成于中生代,距今约1.5亿至6000万年。人们认为,它是由富含硅的流体填充沉积物中的空腔(例如甲壳类动物或软体动物钻出的孔洞)而形成的。随着时间的推移,流体中的硅酸含量不断增加,胶凝化,最终凝固成隐晶质二氧化硅[5, 6]。可以想象,最初的流体中可能存在细菌。然而,硅化是一个缓慢的过程。目前尚不清楚细菌如何在日益恶劣的环境中存活如此长时间,或者至少在形态上保持完整。另一种可能性是,细菌在石头已经形成时就侵入其中。然而,我们的图像并未显示材料中可能存在裂缝或孔隙,而这些裂缝或孔隙正是细菌入侵的途径。总而言之,最有可能的解释是,我们看到的确实是中生代细菌的遗迹。如果这是正确的,那么使用激光扫描 FLIM 显微镜对燧石进行检查可能成为研究古代微生物的一种有趣的技术。

参考文献

1.   W. Becker, The bh TCSPC handbook. 10th edition (2023), available on www.becker-hickl.com

2.      W. Becker, A.Bergmann, SPCIMage NG FLIM data Analysis. In: W. Becker, The bh TCSPC handbook. 10th edition (2023), available on www.becker-hickl.com

3.    Becker & Hickl GmbH, DCS-120 Confocal and Multiphoton Scanning FLIM Systems, user handbook 9th ed. (2021). Available on www.becker-hickl.com

4.      Y. Chmykh, J. L. Nadeau, The use of fluorescence lifetime imaging (FLIM) for in situ microbial detection in complex mineral substrates. J. Microsc. 294, 36–51 (2024)

5.      Flint.https://en.wikipedia.org/wiki/Flint

6.      Flint and Chert. http://www.quartzpage.de/flint.html

Contact:

Wolfgang Becker

Becker & Hickl GmbH

Berlin, Germany, https://www.becker-hickl.com

Email: becker@becker-hickl.com

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